Sebbene goda del favore di molti ecclesiastici e abbia raccolto numerosi elogi ed incoraggiamenti, il Cammino presenta degli aspetti problematici in campo dottrinale, liturgico e pastorale. L'arcivescovo emerito di Catania, mons. Luigi Bommarito, scrisse nel 2002 una lettera al Cammino Neocatecumenale della sua arcidiocesi riassumendo, tra i problemi riscontrati:

• la riduzione della figura del sacerdote da ruolo guida a mero esecutore liturgico

• il pessimismo per l'inesorabile senso del peccato e l'impoverimento della virtù cristiana della speranza nelle catechesi

• il separatismo rispetto ai cattolici non Neocatecumenali

• il "metodo" dei Neocatecumenali, da loro ritenuto "insuperabile"

• le dolorose divisioni nelle parrocchie dove il Cammino è presente in modo consistente

• gli "scrutini", confessioni pubbliche che "scarnificano le coscienze con domande che nessun confessore farebbe".

Nella citata lettera Bommarito parla del rischio di cadere nel fondamentalismo integralista e vi allega "puntualizzazioni" di altri ecclesiastici italiani e americani. Ciò che maggiormente pare preoccupare la gerarchia ecclesiastica sono gli abusi in campo liturgico. A dicembre 2005 la Congregazione del Culto divino, a firma del cardinale Arinze, ha inviato una lettera a Kiko Argüello, Carmen Hernández e don Paolo Pezzi per comunicare le "decisioni del Santo Padre" a proposito delle liturgie del Cammino Neocatecumenale, raccomandando anzitutto di seguire "i libri liturgici approvati, senza omettere né aggiungere nulla" e chiedendo, fra le altre cose:

• che "almeno una domenica al mese" le comunità del Cammino partecipino alla Messa della parrocchia

• che le "eventuali monizioni" previe alle letture della Messa siano "brevi"

• che l'omelia sia "riservata al sacerdote o al diacono"

• che il modo di ricevere la Santa Comunione diventi entro "due anni" lo stesso di tutta la Chiesa.

Lo Statuto approvato nel 2002 rinvia ad un Direttorio Catechetico che raccoglie la tradizione orale e la prassi del Cammino; il materiale (quattordici volumi) è tuttora in fase di verifica da parte delle congregazioni vaticane.

Lo Statuto approvato nel 2008 non presenta variazioni significative, rimanda allo stesso Direttorio i cui testi non sono pubblici e, a tutt'oggi, risulta inapplicato come il precedente, mentre non regola prassi e situazioni portate avanti con caparbietà da oltre 40 anni [vedi]

Mentendo, Kiko ha sempre raccontato a tutti che i suoi Catechisti nel momento delle catechesi erano ispirati direttamente dallo Spirito Santo e che non esistevano documenti scritti attraverso i quali loro potessero formarsi.

Abilmente Kiko ha sempre fatto sapere le cose ‘positive’ del CNC (vocazioni, avvicinamento alla Parola di Dio per tanti lontani, ecc. ). Per questo i vari Papi hanno accolto e benedetto il CNC alla pari di altri "Cammini di fede", frutti del Concilio Vaticano II. Purtroppo, riguardo ai metodi utilizzati e alla "teologia" insegnata, non è mai trapelato nulla.

In effetti molti rimangono colpiti e ammirati dalle catechesi ascoltate, proprio perché viene fatto credere che non siano preparate. Ora si scopre che nulla di quello che viene detto è spontaneo, ma che si tratta praticamente di pedisseque 'ripetizioni' delle catechesi di Kiko mai pubblicate ma trascritte in Spagna nel 1972, ad uso interno solo dei catechisti. In ogni caso il loro contenuto rimane 'segreto' finché non si raggiunge la tappa corrispondente. E ovviamente resta segreto per tutti coloro che non aderiscono al cammino. Non avrebbe dovuto esserlo, tuttavia, né per i vescovi, né per i parroci, che troppo spesso li hanno creduti sulla parola sulla base di testimonianze eclatanti, sbandieramento di frutti, incontri addomesticati ricchi di canti e di esaltazione collettiva...

Attualmente la versione addomesticata degli "Orientamenti" - redatta con l'aiuto di teologi messi a disposizione dal Papa e con molti riferimenti al Catechismo della Chiesa Cattolica - è in mano ai dicasteri vaticani per l'approvazione; ma nella quotidianità, per quanto concerne la predicazione non risulta cambiata neppure una virgola.

Inutile negare l'anomalia dell'esistenza di testi riservati. Essa rappresenta il punto focale dell'inganno... nascondere insegnamenti completamente diversi e anche contrastanti con quelli della Chiesa! Del resto, chi ha qualcosa da nascondere, pensiamo non sia mai per un buon motivo... A chi è 'dentro' potrebbero addurre che è questione di metodo, di gradualità, ma dimostrano si tratta pur sempre di 'tappe iniziatiche', come nelle sette. A chi sta 'fuori' potrebbe non interessare, ma questo non riguarda certo sacerdoti e vescovi che devono conoscere chi si mettono in casa (nelle parrocchie) e cosa insegna ai loro fedeli.

Ci si chiede con quale autorità i catechisti esercitino una funzione così piena di responsabilità e che dà loro tanto potere sulle persone, senza essere stati né formati né 'mandati' dalla Chiesa, ma da Kiko.